各县（市）区国家税务局，市局直属税务分局:
根据《国家税务总局关于全国范围内推行公路内河货物运输业发票税控系统有关工作的通知》（国税发〔2006〕163号）有关规定，增值税一般纳税人运输发票申报抵扣及 “一窗式”比对内容有所调整，现将有关问题明确如下，请遵照执行。
一、自2006年11月1日起，试点省（市）（河南省、湖南省和青岛市）全面推行货运发票税控系统，启用货运发票税控系统开具带税控码的新版《公路、内河货物运输业统一发票》（以下简称新版货运发票），取消不带税控码的旧版《公路、内河货物运输业统一发票》（以下简称旧版货运发票）。因此，试点省（市）2006年11月1日以后开具的旧版货运发票不再作为增值税的抵扣凭证。
2007年1月1日起全国全部使用货运发票税控系统，启用新版货运发票，停止使用旧版货运发票。因此，2007年1月1日（含） 以后开具的旧版货运发票不再作为增值税的抵扣凭证。
新版和旧版货运发票的抵扣时限仍按现行规定执行。
二、自2007年1月1日起，增值税一般纳税人取得的新版货运发票，必须通过货运发票税控系统认证采集数据，认证相符的新版货运发票方可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
三、增值税一般纳税人申报时，其申报抵扣通过认证采集的新版货运发票，不填写在《增值税运输发票抵扣清单》中，以免造成重复采集。
申报抵扣的2007年1月1日以前开具且符合规定抵扣时限的旧版货运发票，以及申报抵扣的其他运输发票（铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输），仍按照《国家税务总局关于印发〈增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理操作规程〉的通知》（国税发〔2005〕61号）的要求，填写《增值税运输发票抵扣清单》，随同其他申报资料向主管税务机关进行申报。?
四、运输发票票表比对：
（一）非辅导期一般纳税人
1.《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“金额”项数据，应小于或等于《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“允许计算抵扣的运费金额”项数据加上当期认证采集的货运发票“运费小计”项数据之和。
2.《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“税额”项数据，应小于或等于《增值税运输发票抵扣清单》中“合计”栏“计算抵扣的进项税额”项数据加上当期认证采集的货运发票“运费小计”项乘于7%数据之和。
（二）辅导期一般纳税人
1.《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“金额”项数据，应小于或等于《增值税运输发票抵扣清单》中“铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输”栏“允许计算抵扣的运费金额”项数据加上当期稽核系统比对相符和协查后允许抵扣的运费发票金额数据之和。
2.《增值税纳税申报表附列资料（表二）》中第8栏“运费发票”的“税额”项数据，应小于或等于《增值税运输发票抵扣清单》中“铁路运输、航空运输、管道运输、海洋运输”栏“合计”栏“计算抵扣的进项税额”项数据加上当期稽核系统比对相符和协查后允许抵扣的运费发票金额乘以7%数据之和。
五、各地国税机关要采取切实有效的措施，做好货运发票税控系统认证工作，加强对纳税人的宣传辅导，确保纳税人及时掌握新版货运发票的申报抵扣规定，保证运输发票采集数据的及时性、准确性和完整性。特别要注意在既有扫描认证方式又有清单方式采集运输发票数据的过渡期内，不仅要保证所有的运输发票数据采集的完整性，还要避免重复采集数据，造成重号发票。