国家税务总局和国家计委等五部委联合下发的《关于棉花销售有关政策问题的补充通知》（计电［２０００］３３号）规定，对棉花经营企业库存商品棉按１３％的抵扣率计算抵扣进项税额，为统一、规范１９９９年７月３１日前库存商品棉的增值税进项税额计算方法，现就有关具体操作办法明确如下：
    一、进项税额补提范围
２０００年４月末库存的１９９９年７月３１日以前收购，并按１０％计算增值税进项税额的库存商品棉。
    二、补提进项税额的计算方法
    （一）对能够准确分清的可补提进项税额的库存棉，可直接计算；对不能准确划分的，可按以下公式计算确定：
分年度分等级收购的免税商品棉的库存数量：分年度分等级商品棉的库存数量×当年外购免税棉的收购成本占当年外购商品棉总成本的比例。
    （二）应补提的进项税额按以下公式计算：
应补提的进项税额：＝∑分年度分等级收购的免税商品棉库存数量×按不同年度国家确定的收购单价ｘ３％。
    三、具体要求
    （一）主管税务机关应当认真审该可给予补提进项税额的库存棉范围，要做到财物对应核实。棉花经营企业补提的进项税额可一次性抵扣。
    （二）为便于国家税务总局掌握进项税额的补提情况，各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局须于２０００年７月３１日前将抵扣情况报送总局（流转税管理司）。