《内地和澳门特别行政区关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的安排》（以下简称《安排》）第三议定书已于2016年7月19日在北京正式签署。第三议定书对《安排》做出以下修改：
一、修改《安排》第八条（海运、空运和陆运）第一款，规定一方企业在另一方以船舶、飞机或陆运车辆经营海运、空运和陆运运输所取得的收入和利润，该另一方应予免税（在内地包括增值税及其它类似税种）。此修改是针对内地营业税改征增值税的税制改革，明确《安排》第八条第一款的免税待遇适用于内地征收的增值税。
二、针对《安排》第十二条（特许权使用费）第二款，增加对飞机和船舶租赁业务支付的特许权使用费征税规定，即所征税款不应超过特许权使用费总额的5%，其余情况下的特许权使用费税率不变。
三、针对《安排》第十条（股息）、第十一条（利息）、第十二条（特许权使用费）和第十三条（财产收益）增加主要目的测试规定，以防止《安排》被滥用。
根据第三议定书第四条规定，该议定书自2016年12月12日起生效执行。