《中华人民共和国政府和巴林王国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定》（以下简称协定）议定书于2013年9月16日在北京正式签署。该议定书对协定做了如下修改：
一、根据我国2008年起实施的新企业所得税法及其实施条例的规定，议定书更新了协定第二条的税种范围，将协定在我国适用税种中的“外商投资企业和外国企业所得税”改为“企业所得税”；更新了协定第四条第一款“缔约国一方居民”的判定标准，将“总机构”改为“成立地、实际管理机构所在地”。
二、为了防范低税率造成的协定滥用风险，将第十条第二款股息预提所得税的税率由不应超过5%改为不应超过10%。
三、议定书第五条规定，协定或议定书不应妨碍缔约国实施其国内防止逃避税的规定。但是，缔约国实施国内防止逃避税规定的前提是保证其征税不能与协定的规定相冲突。
四、议定书修改了协定第二十三条关于消除双重征税的方法，纳入了间接抵免的规定。按照该规定，如果我国居民公司从巴林取得股息，且其直接或间接拥有巴林居民公司股份不少于20%，则我国居民公司在国内纳税时可以抵免巴林居民公司就该项所得在巴林缴纳的税款。
五、根据OECD2005年对税收协定范本的更新和全球税收论坛同行审议的要求，更新了协定第二十六条关于信息交换的规定，增加了缔约国不能仅因信息没有国内税收利益或因信息由银行等机构或个人持有而拒绝提供的规定。
中巴双方已完成议定书生效所必需的各自国内法律程序，议定书于2016年4月1日生效，自2017年1月1日起执行。