一、公告出台背景
为加大对科技型企业特别是中小企业的政策扶持，有力推动大众创业、万众创新，培育创造新技术、新业态和提供新供给的生力军，促进经济升级转型升级，2016年，科技部、财政部、税务总局联合下发了《关于修订印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》（国科发火〔2016〕32号，以下简称《认定办法》）及配套文件《关于修订印发<高新技术企业认定管理工作指引>的通知》（国科发火〔2016〕195号，以下简称《工作指引》）。
《认定办法》和《工作指引》出台后，《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠有关问题的通知》（国税函〔2009〕203号，以下简称“203号文件”）作为与原《认定办法》和《工作指引》相配套的税收优惠管理性质的文件，其有关内容需要适时加以调整和完善，以实现高新技术企业认定管理和税收优惠管理的有效衔接，保障和促进高新技术企业优惠政策的贯彻落实。为此，特制定本公告。
二、公告主要内容
（一）明确高新技术企业享受优惠的期间
根据企业所得税法的规定，企业所得税按纳税年度计算，因此高新技术企业也是按年享受税收优惠。而高新技术企业证书上注明的发证时间是具体日期，不一定是一个完整纳税年度，且有效期为3年。这就导致了企业享受优惠期间和高新技术企业认定证书的有效期不完全一致。为此，公告明确，企业获得高新技术企业资格后，自其高新技术企业证书注明的发证时间所在年度起申报享受税收优惠，并按规定向主管税务机关办理备案手续。例如，A企业取得的高新技术企业证书上注明的发证时间为2016年11月25日，A企业可自2016年度1月1日起连续3年享受高新技术企业税收优惠政策，即，享受高新技术企业税收优惠政策的年度为2016、2017和2018年。
按照上述原则，高新技术企业认定证书发放当年已开始享受税收优惠，则在期满当年应停止享受税收优惠。但鉴于其高新技术企业证书仍有可能处于有效期内，且继续取得高新技术企业资格的可能性非常大，为保障高新技术企业的利益，实现优惠政策的无缝衔接，公告明确高新技术企业资格期满当年内，在通过重新认定前，其企业所得税可暂按15%的税率预缴，在年底前仍未取得高新技术企业资格的，则应按规定补缴税款。如，A企业的高新技术企业证书在2019年4月20日到期，在2019年季度预缴时企业仍可按高新技术企业15%税率预缴。如果A企业在2019年年底前重新获得高新技术企业证书，其2019年度可继续享受税收优惠。如未重新获得高新技术企业证书，则应按25%的税率补缴少缴的税款。
（二）明确税务机关日常管理的范围、程序和追缴期限
在《认定办法》第十六条基础上，公告进一步明确了税务机关的后续管理，主要有以下几点：
一是明确后续管理范围。《认定办法》出台以后，税务机关和纳税人对高新技术企业在享受优惠期间是否需要符合认定条件存在较大的争议。经与财政部、科技部沟通，《认定办法》第十六条中所称“认定条件”是较为宽泛的概念，既包括高新技术企业认定时的条件，也包括享受税收优惠期间的条件。因此，公告将税务机关后续管理的范围明确为高新技术企业认定过程中和享受优惠期间，统一了管理范围，明确了工作职责。
二是调整后续管理程序。此前，按照203号文件的规定，税务部门发现高新技术企业不符合优惠条件的，可以追缴高新技术企业已减免的企业所得税税款，但不取消其高新技术企业资格。按照《认定办法》第十六条的规定，公告对203号文件的后续管理程序进行了调整，即，税务机关如发现高新技术企业不符合认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格后，通知税务机关追缴税款。
三是明确追缴期限。为统一执行口径，公告将《认定办法》第十六条中的追缴期限“不符合认定条件年度起”明确为“证书有效期内自不符合认定条件年度起”，避免因为理解偏差导致扩大追缴期限，切实保障纳税人的合法权益。
（三）明确高新技术企业优惠备案要求
《认定办法》和《工作指引》出台后，认定条件、监督管理要求等均发生了变化，有必要对享受优惠的备案资料和留存备查资料进行适当调整。公告对此进行了明确。在留存备查资料中，涉及主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术所属领域、高新技术产品（服务）及对应收入、职工和科技人员、研发费用比例等相关指标时，需留存享受优惠年度的资料备查。
（四）明确执行时间和衔接问题
一是考虑到本公告加强了高新技术企业税收管理，按照不溯及既往原则，明确本公告适用于2017年度及以后年度企业所得税汇算清缴。二是《认定办法》自2016年1月1日起开始实施。但按照《科技部财政部 国家税务总局关于印发<高新技术企业认定管理办法>的通知》(国科发火〔2008〕172号)认定的高新技术企业仍在有效期内。在一段时间内，按不同认定办法认定的高新技术企业还将同时存在，但认定条件、监督管理要求等并不一致。为公平、合理起见，公告明确了“老人老办法，新人新办法”的处理原则，以妥善解决新旧衔接问题。即按照《认定办法》认定的高新技术企业按本公告规定执行，按国科发火〔2008〕172号文件认定的高新技术企业仍按照203号文件和《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠政策事项办理办法〉的公告》（国家税务总局公告2015年第76号）的有关规定执行。三是明确《国家税务总局关于高新技术企业资格复审期间企业所得税预缴问题的公告》（国家税务总局公告2011年第4号）废止。