在营改增试点运行过程中，各方陆续反映了一些政策执行中出现的操作问题有待统一和明确。为此，税务总局制定了《关于跨境应税行为免税备案等增值税问题的公告》，明确了以下四个方面的问题：
一是关于跨境应税行为免税备案的问题。明确了纳税人发生的跨境应税行为在按照规定办理免税备案手续后，对相同业务无需再办理备案手续，只需将有关免税证明材料留存备查即可。
二是关于交通运输业进项税抵扣的问题。明确了纳税人以承运人身份与托运人签订运输服务合同，收取运费并承担承运人责任，并委托实际承运人完成全部或部分运输服务时，自行采购并交给实际承运人使用的，用于委托实际承运人完成的运输服务的成品油和支付的道路、桥、闸通行费，如相应取得合法有效的增值税扣税凭证，可按照现行规定抵扣进项税额。
三是关于个人代开增值税发票的问题。为方便对外出租不动产的其他个人（自然人）及时向承租方开具发票，提高承租方取得增值税发票的比例，同时减轻租赁双方负担，公告明确个人可委托房屋中介、住房租赁企业等单位代其向主管地税机关按规定申请代开增值税发票。
四是关于贴现、转贴现业务发票开具的问题。自2018年1月1日起，金融机构开展贴现、转贴现业务，均以其实际持有票据期间取得的利息收入计算缴纳增值税。在上述政策变化后，为满足贴现人全额索票的需求，明确贴现人在申请首次贴现索取发票时，贴现机构应按照票据贴现利息全额向贴现人开具增值税普通发票，转贴现机构按照转贴现利息全额向贴现机构开具增值税普通发票。