答：根据《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》国税发〔1995〕192号第一条第（三）款：购进货物或应税劳务支付货款、劳务费用的对象。纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣。

根据上述规定，如果贵公司与A公司签订合同，由A公司供货并向A公司付款，只是发票由其分公司开具，则相关的进项税金不能抵扣。如果A公司只是代分公司签订合同，由分公司供货并由分公司收款，则分公司开具的发票可以抵扣进项税金。