一、集团公司收取管理费用的缘起
2008年以前，很多集团公司普遍存在一种通行做法，就是由集团公司向下属子公司提取管理费，这种提取并不一定是集团公司为下属公司提供了什么服务，仅仅是内部一种转移支付手段。集团通常也不向子公司开具发票。
2008年新的所得税法对于这种情况做了清晰界定：《企业所得税法实施条例》第四十九条规定，企业之间支付的管理费、企业内营业机构之间支付的租金和特许权使用费，以及非银行企业内营业机构之间支付的利息，不得扣除。
二、企业集团实务中的困惑
集团公司实务中往往存在以下困惑：
第一种情况，集团公司可能派驻高管到下属公司承担一些临时性事务，要求这个期间高管成本由下属公司承担;
第二种情况，集团公司战略部门、财务中心、人力资源中心、审计部门等核心管理部门实质上是主要为下属公司提供服务，但成本都发生在集团公司，而集团公司没有对应收入作为匹配。
这两种情况是实务中的实际情况，符合商业规律，符合企业经营特点，但却造成了两方面困惑：人员成本如果强行给下属公司承担，会造成工资薪金与社保的混乱;各大职能部门只有成本发生，没有收入取得，造成集团公司财务配比的错乱，甚至连年亏损。
三、集团公司不能收取管理费但可以收取服务费
企业不能因为所得税法中对于管理费的界定而矫枉过正，对于一切集团向下属公司收取的费用都不敢操作。税法中最重要的扣除原则是：真实性、相关性和合理性。只要符合三个原则的支出与收入，都是没有任何问题的。
因此，集团公司可以将其为下属公司提供的真实服务收取服务费用，并确认收入，开具发票给下属公司。下属公司支付服务费，收到发票当然也可以在所得税前扣除。这个问题，其实国税总局早在2008年就出台了相关文件：《国家税务总局关于母子公司间提供服务支付费用有关企业所得税处理问题的通知》(国税发〔2008〕86号)，文件中其实提出了几个关键要点：
第一，业务一定要真实，必须能够证明企业集团向下属企业提供了什么性质的服务?服务内容是什么?服务结果是什么?也就是按照独立公司之间交易来要求。
第二，收费一定要合理，不能为了转移利润强行设计价格，这里的收费合理既要和服务内容多少、难度匹配，也要考虑到行业水平与行业特点等。
第三，证据链一定要完备，服务合同、支付凭据、发票开具及其他有关服务的相关证据都必须能够拿得出来。
